Tout en s'inscrivant dans l'Institut français en Allemagne, l'IFHA appartient également au réseau des 27 centres français de recherche à l'étranger, de Tachkent à Lima en passant par Prague, Tokyo ou Jérusalem. A ce titre, il est assisté d'une commission scientifique comprenant des personnalités françaises et allemandes. L'IFHA s'insère au sein d'un réseau franco-allemand en sciences sociales et humaines (Institut Historique Allemand de Paris, CIERA, Centre Marc Bloch de Berlin etc.).
